Afin de remplir ces missions, l’Institut se compose des départements suivants :
- Le département administratif, chargé de la gestion administrative, financière et de la gestion des ressources humaines.
- Le département hébergement, qui comprend des centres d’accueil et des structures de logement pour enfants et jeunes adultes, dont l’éducation ne peut être assurée par leurs familles ou dont l’éducation et l’encadrement nécessitent es structures spécialisées. Actuellement, ce département se constitue de 6 foyers d’accueil et d’un service de logement en milieu ouvert, ainsi que des services d’accueil, d’accompagnement des familles, de psychologie et d’interventions curatives.
- Le département prévention, qui comprend des structures d’aide et d’accompagnement social auprès de familles et d’enfants exposés à un risque accru de voir leur développement et leur bien-être compromis et visant la prévention d’éventuelles mesures d’aide plus poussées. Actuellement, ce département regroupe les services Treff-Punkt et Treff-Punkt-Prison.
- Le département thérapeutique, qui comprend des structures d’accueil et de prise en charge thérapeutique et soignante, pour des enfants en souffrance psychique majeure. Actuellement, ce département se constitue des centres psychothérapeutique Andalê et Arriva et de la structure de prise en charge intensive Bandari.
- Le département ressources, qui comprend des services spécialisés qui mettent leurs compétences respectives au service des trois départements précédents et au service de structures spécialisées extérieures à l’Institut. Actuellement, ce département se constitue des services de visites accompagnées, d‘ateliers et activités socio-éducatifs, d’inclusion scolaire, de formation et d’accompagnement du personnel, de relations publiques.